O princípio da técnica FUE é relativamente simples: o cirurgião retira as unidades foliculares uma a uma da área doadora – utilizando um micropunch que pode variar entre 0,7 a 0,9 milímetros – faz uma pequena incisão ao redor do folículo e aprofunda na mesma direção do nascimento, para evitar a transecção, soltando-a da pele do couro cabeludo. Após isto, com uma pinça de microcirurgia são retiradas cuidadosamente uma a uma as unidades foliculares. Todo o procedimento é realizado com lentes de aumento.
No procedimento de transplante capilar, o cirurgião reorganiza a distribuição dos folículos do paciente levando- as de uma área para outra. A grande diferença e vantagem desta técnica é que os cabelos, já transplantados, têm uma apresentação extremamente natural além de continuarem a crescer normalmente.